Los trabajos misioneros iniciales se ven reforzados a partir de ese momento, y en 1905 se abre un punto de misión en Santa Cruz de Tenerife así como un colegio mixto para niños sin recursos. Esta última actividad la mantuvo hasta 1910 en que regresa a Cuba para obtener recursos que le permitieran seguir su ministerio, retornando en ese mismo año a Tenerife y abriendo un punto de misión en La Laguna, en la plaza de la Antigua, número 7. Su actividad terminó con su encarcelamiento en 1913, produciendo un gran revuelo en la entonces muy influyente comunidad británica y que le costaría el puesto al gobernador civil de la época. Además de la obra en La Laguna seguía manteniendo la de Santa Cruz de Tenerife y abrió otra en La Orotava, recorriendo las islas distribuyendo las Escrituras. La Iglesia en Santa Cruz de Tenerife se estableció en la Rambla de Pulido 72, trasladándose posteriormente a la calle Igualdad, hoy General Goded .
Los viajes a Cuba y a los Estados Unidos fueron frecuentes por parte del Rvdo. Brown entre los años 1914 a 1924 para obtener recursos para sus escuelas y la obra misionera. El pastor Brown falleció en Vilaflor, en donde intentaba reponer su salud, el 22 de febrero de 1930. Su sepultura se encuentra en el cementerio de la localidad.
La obra del pastor Brown fue continuada por su esposa hasta el año 1932, en el que tuvo que regresar a Cuba por causas de salud y de falta de apoyo económico, falleciendo en La Habana el 2 de julio de 1945. Su sepultura se encuentra en el Cementerio Bautista de La Habana.
Habría que esperar a 1951 para que el testimonio bautista recomenzara en Canarias, y más concretamente en Santa Cruz de Tenerife. Después de la Guerra Civil se trasladaron a la isla varias personas miembros de iglesias bautistas de la zona de Levante, congregándose en la Iglesia Evangélica Interdenominacional que entonces funcionaba en la ciudad. Un grupo de ellos decidió iniciar una congregación que obedeciera a los principios bautistas, por lo que se reunieron en la plazuela del Zodiáco del Parque García Sanabria el 12 de noviembre de 1951 a las 16 horas, constituyendo allí y de forma clandestina la Primera Iglesia Evangélica Bautista de Santa Cruz de Tenerife con una estructura democrática en su funcionamiento, tal y como se establece en las normas de las iglesias bautistas de todo el mundo desde el siglo XVII. La incipiente congregación, a falta de un lugar de culto propio, se comenzó a reunir en el domicilio particular de Dña. Emilia Salcedo, en la calle de Ramón y Cajal.
Durante los años 1952 y 1953, con la intención de consolidar la incipiente obra, visitó la nueva iglesia en varias ocasiones el Rvdo. D. Vicente Francés, el cual se desplazaba desde la Península con ese objeto, hasta que fue expulsado por las autoridades de la época.
El año 1953 fue el más difícil para el protestantismo español después de la Guerra Civil, pues innumerables congregaciones locales fueron clausuradas y sus dirigentes perseguidos. Dos de los diáconos elegidos en la congregación de Santa Cruz de Tenerife fueron fichados por la policía, y a partir de entonces la pequeña congregación se vio vigilada por ésta.
En el año 1954 visitó la Iglesia el Rvdo. D. José Beltrán Ferrandis, y al año siguiente la del seminarista D. José Núñez Moreno, estableciéndose una comisión pro-pastor. Un año decisivo para la consolidación de la obra lo supone la llegada del Rvdo. D. José Beltrán, el cual fue elegido pastor de la Iglesia en la Asamblea Administrativa del 5 de enero de 1956.
Una de las primeras preocupaciones del nuevo pastor fue la de que la Iglesia contara con un edificio en propiedad, iniciativa que comenzó a fraguarse a través de un acuerdo con la Misión Bautista en España, adquiriéndose un solar al efecto en la Primera Transversal de la Avenida de Bélgica, hoy calle del Dr. Severo Ochoa.
En el año 1957, y motivado por el interés del Director del Seminario Bautista de Barcelona, Roy B. Wyatt, se decidió el inicio de evangelización en Gran Canaria y La Gomera, desplazándose periódicamente varios hermanos a esas islas para atender la incipiente obra. De ese trabajo pionero surgiría la Iglesia Evangélica Bautista de Las Palmas de Gran Canaria.
El nuevo templo se terminó en el año 1960. Su aspecto exterior, condicionado por las exigencias de la época, tiene aspecto de chalet, albergando, además del lugar de culto, vivienda pastoral y diversas dependencias para desarrollar la vida eclesial. El nuevo local de cultos fue inaugurado solemnemente el 9 de octubre de 1960. El deseo de llegar con el mensaje del evangelio a otras islas hace que se abra el primer punto de misión en la Isla de La Palma en 1965, pasando un tiempo allí atendiendo espiritualmente a los hermanos el entonces seminarista D. Eduardo Souto.
En el año 1967 deja el pastorado de la Iglesia el Rvdo. Beltrán, formándose una comisión pro-pastor encargada de buscar un sustituto. Al año siguiente visitó la congregación el seminarista D. Ricardo Souto Copeiro, el cual instó a la congregación a renovar los cargos y reestructurar el organigrama de la Iglesia. Ésta, reunida en Asamblea Administrativa, invita a D. Ricardo Souto en diciembre de 1968 a que ejerza el pastorado de la misma una vez concluya sus estudios en el seminario.
En el año 1975 se produce un acontecimiento importantísimo en la vida de la Iglesia, y fue la incorporación de la totalidad de los miembros de la Iglesia Bautista La Gracia, que hasta entonces se reunía en el Barrio de La Salud. La llegada de estos hermanos supuso un aporte muy positivo a la vida congregacional y marcaría el rumbo futuro de la Iglesia, incorporándose al Consejo de Diáconos los hermanos D. Juan Díaz Morín y D. Miguel A. Fariña Martín.
Desde hacía tiempo la Iglesia Bautista del Fondillo, no adscrita a la UEBE, venía recibiendo atención pastoral por parte de D. Ricardo Souto, solicitando en el año 1982 adscribirse como una sección local de la de Santa Cruz de Tenerife y hasta el momento de tener el suficiente número de miembros para ser recibida como miembro de pleno derecho en la Unión Evangélica Bautista Española.
Durante esos años, y sin dejar su labor de ayuda y coordinación de la obra misionera y pastoral en otras islas, la Iglesia de Santa Cruz de Tenerife organizó un grupo de estudio y oración en la localidad de Tacoronte (Tenerife) con miembros y simpatizantes de la zona, actividad que se mantiene hasta el día de hoy como extensión y consolidación de la obra misionera.
En 1990 se creó el Departamento de Estudios Bíblicos como un elemento complementario y de ampliación de estudios de la Escuela Dominical, centrándose en aspectos bíblicos, teológicos e históricos. El primer año de actividad estuvo dedicado a un análisis general de la Biblia (Antiguo y Nuevo Testamento) y sobre educación infantil.
En 1993 se crea la Unión de Iglesias Bautistas de las Islas Canarias, legalizándose ante el Gobierno de Canarias y recayendo su representación legal en la Iglesia de Santa Cruz de Tenerife.
La Iglesia pasa a formar parte en 1994 del Consejo Local de la Enseñanza religiosa Evangélica (ERE) y de la Asociación de Ministros Evangélicos de las Islas Canarias (AMEIC), compuesta inicialmente por pastores de la FIEIDE, UEBE, Asambleas de Dios y Ejército de Salvación. Desde 1995 la Iglesia es miembro del Consejo Evangélico de las Islas Canarias, que tiene como misión ser un vínculo entre las confesiones evangélicas de las Islas y el Gobierno de Canarias. A partir de ese año el Dr. Souto Suárez toma la responsabilidad pastoral de la Iglesia de habla inglesa en el Puerto de la Cruz, con la intención de establecer un hermanamiento de ambas congregaciones. En años posteriores la congregación del Puerto de la Cruz pasaría a ser miembro de pleno derecho de la UEBE.
Desde el punto de vista de atención social la Iglesia ha mantenido a lo largo de los años su colaboración con el Hogar de Ancianos CEDAR, en San Isidro (Granadilla), siendo su director el diácono de la Iglesia D. Miguel Ángel Fariña. Además de ésta colaboración, compartida con otras iglesias de las Islas Canarias, la Iglesia de Santa Cruz de Tenerife ha trabajado por años aportando fondos al Orfanato Faith Home, en India, liderado por el Rvdo. Parashuda Babu, además de colaborar en ofrendas para Guinea Ecuatorial y Camerún, la Misión Evangélica contra la lepra, envío de medicamentos a Cuba, y otras puntuales organizadas por la UEBE.
